在单细胞测序技术蓬勃发展的当下，许多研究者在完成单细胞测序后，常常面临一个棘手的问题：如何进一步推进实验？为了深入挖掘单细胞测序结果背后隐藏的生物学意义，研究者们常常需要借助多种技术手段来搭配单细胞测序。

但搭配技术的选择至关重要：

1、单细胞测序+空间转录组：虽然两者数据容易匹配，但对于组织细胞的研究自始至终都只有转录本的信息，在多组学联合的趋势下往往还需要增加蛋白水平的验证；

2、单细胞测序+空间转录组+流式/多重荧光：整体丰富度虽然提高，但是整体周期和价格较贵，经费压力巨大。同时每多一个技术，数据的分析难度都会增加。

那么有没有一项技术，既可以表征“空间”信息，又可以从“蛋白”层面验证，同时还可以以“单细胞”水平观测组织样本呢？

图1：张宁与张泽民团队通过PCF（原CODEX）验证单细胞测序，并识别出多种肝癌肿瘤免疫微环境（Xue, Ruidong et al. Nature vol. 612,7938: 141-147.）

PhenoCycler-Fusion（原CODEX）：单细胞测序后的“黄金拍档”

优势1：空间定位——让单细胞数据回归组织原位

技术亮点：

①超高分辨率（单细胞级）空间蛋白组，精准映射细胞亚群在组织中的位置（如肿瘤-免疫边界、干细胞生态位）；

②支持100+蛋白标记同时检测，覆盖关键功能蛋白（如PD-1/PD-L1、细胞周期标志物）。

对比空间转录组：

①空间转录组（如10x Visium）仅提供RNA空间信息，无法直接关联蛋白活性；

②PCF通过蛋白标记直接验证单细胞测序中发现的差异基因通路（如EMT、代谢重编程）。

优势2：蛋白验证——弥补RNA与蛋白表达的不一致性

技术亮点：

①直接检测蛋白表达水平，规避RNA与蛋白表达脱节（如转录后调控导致的差异）；

②可筛选出单细胞测序中“假阳性”标志物，提升后续研究可靠性。

对比传统蛋白验证：

①流式/免疫组化需预先猜测目标蛋白，通量低且无法空间定位；

②PCF一次性检测几十种蛋白，无需假设驱动。

优势3：成本与效率——多组学整合的“轻量化方案”

技术亮点：

①单张组织切片即可完成实验，样本需求量低；

②数据可直接与单细胞转录组对齐（如通过细胞类型特异性蛋白标记）。

对比多技术组合：

①传统“单细胞+空间转录组+流式”需多次实验，成本增加2-3倍；

②PCF通过单次实验获得空间+蛋白数据，节省时间与经费。

“单细胞测序不是终点，而是探索的起点！

PCF以一项技术、双重价值，助您将RNA异质性转化为空间-蛋白维度的功能洞察，省去多平台联用的繁琐与成本，让数据闭环一步到位。”

丨公司简介

上海华盈生物医药科技有限公司(简称：华盈生物)，以“科学家服务科学家”的初心专注于高通量蛋白质研究服务领域12年。目前已经形成了以 “蛋白质谱”、“蛋白芯片”“空间蛋白组”为核心的“三位一体”高通量蛋白质检测服务体系。2023年，华盈生物与美国Akoya公司合作，引进PCF空间单细胞蛋白组平台，成为Akoya中国大陆首家认证技术服务商，进入全球CRO服务网络，华盈生物的技术能级也正式提升进入空间组学时代。

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